Enrique Flores Magón nació el 13 de abril de 1877 en Teotitlán, Oaxaca. Siendo el menor de los tres conocidísimos hermanos Flores Magón, Enrique destacó como periodista y político, jugando un papel crucial en el movimiento anti-reeleccionista de Porfirio Díaz. Fue hijo de Margarita Magón y Teodoro Flores, un teniente coronel que luchó en contra de las intervenciones francesa y norteamericana, y fue él quien les inculcó el desprecio hacia las políticas de Díaz.
En 1892, se formó como contador y auditor público, y participó en la primera protesta estudiantil de la Escuela Nacional Preparatoria, que exigía la no reelección del ya para ese entonces dictador. Creció viendo la explotación laboral, el despojo de tierras, la ausencia de garantías individuales y la inexistente libertad política, lo que llevó a los Flores Magón a promover la lucha social de los sectores campesinos y obreros en periódicos como El Demócrata (1893), Regeneración (1900) y, aquel que ellos mismos crearon, El Hijo del Ahuizote (1902); su trabajo periodístico lo llevó a enfrentar múltiples arrestos y, eventualmente, el exilio.
La evolución de su pensamiento se puede clasificar por períodos que coinciden con su trabajo en los periódicos previamente mencionados: en El Demócrata, escribió sobre las injusticias que padecían los campesinos por parte del sistema judicial y los dirigentes estatales; en Regeneración, comenzaron sus escritos fieros e incendiarios acerca de Porfirio Díaz, avivando la chispa de la revolución en esferas intelectuales; en El Hijo del Ahuizote, profundizó con mayor sabiduría e inteligencia ambas inquietudes.
Años más tarde, junto a su hermano Ricardo, fundan el Partido Liberal Mexicano (PLM), llevando sus letras críticas a un punto álgido. Como resultado, el gobierno federal se encargó de censurar sus escritos y clausurar su imprenta, consecuencia ligera si recordamos que era la época del "Mátalos en caliente". Jesús, el hermano mayor, optó por ceder ante la coerción y cesó la crítica gubernamental; por otro lado, Enrique y Ricardo inauguran El Hijo del Ahuizote, y desde entonces jamás dejaron de ser perseguidos. Así, huyen a Estados Unidos, desde donde continuaron influenciando el pensamiento político y social de México.
Los Flores Magón fueron la representación viva del anarquismo en México, pues no solo criticaban la represión porfirista, sino que argumentaban a favor de la abolición de la propiedad privada (es decir, los medios de producción, diferente a la propiedad personal), por lo cual el Magonismo también fue perseguido por el futuro presidente Madero.
El 21 de noviembre de 1922, Ricardo, su hermano, fallece en un calabozo, de un presunto y sospechoso ataque cardíaco, pues los registros médicos indicaban que contaba con salud excelente. Enrique regresa a México y, quizá triste y desconsolado, abandona la militancia en el PLM. Sin embargo, 11 años después participa en la fundación de la Confederación Campesina Mexicana, que impulsaba la iniciativa del general Lázaro Cárdenas con miras a repartir los latifundios. El 28 de octubre de 1954, después de una vida de lucha social, fallece.
A pesar de las constantes amenazas y la persecución, Enrique nunca dejó de abogar por la equidad y la libertad, convirtiéndose en un símbolo de resistencia contra la opresión política. Su contribución al periodismo y su incansable lucha por la justicia social dejaron un legado duradero en la historia de México, y su vida y obra permanecen como testimonio del poder del periodismo y la palabra escrita en la lucha por la justicia y el cambio político.
Al fallecer su hermano, le preguntaron si no temía por su propia vida, a lo que solamente pudo responder "Dondequiera que vaya, tendré mucho tiempo para contemplar con purísima alegría una cosa: que Ricardo y yo empezamos un terremoto que, adquiriendo más y más impulso, influenciará profundamente en la historia de México por muchos siglos", y el tiempo le dio la razón.